À ce jour, la FMSQ regroupe 35 associations médicales affiliées représentant 53 spécialités médicales. Les bureaux administratifs des associations sont situés au siège social de la FMSQ, à Montréal.
Liste des associations médicales affiliées à la FMSQ
Association des allergologues et immunologues du Québec
Association des anesthésiologistes du Québec
Association des médecins biochimistes du Québec
Association des cardiologues du Québec
Association des chirurgiens cardio-vasculaires et thoraciques du Québec
Association québécoise de chirurgie
Association des chirurgiens vasculaires du Québec
Association des spécialistes en chirurgie plastique et esthétique du Québec
Association des dermatologistes du Québec
Association des médecins endocrinologues du Québec
Association des gastro-entérologues du Québec
Association des médecins généticiens du Québec
Association des médecins gériatres du Québec
Association des médecins hématologues et oncologues du Québec
Association des spécialistes en médecine interne du Québec
Association des médecins spécialistes en médecine nucléaire du Québec
Association des médecins microbiologistes infectiologues du Québec
Association des néphrologues du Québec
Association de neurochirurgie du Québec
Association des neurologues du Québec
Association des obstétriciens et gynécologues du Québec
Association des médecins ophtalmologistes du Québec
Association d'orthopédie du Québec
Association d'oto-rhino-laryngologie et de chirurgie cervico-faciale du Québec
Association des pathologistes du Québec
Association des pédiatres du Québec
Association des physiatres du Québec
Association des pneumologues de la province de Québec
Association des médecins psychiatres du Québec
Association des radiologistes du Québec
Association des radio-oncologues du Québec
Association des médecins rhumatologues du Québec
Association des médecins spécialistes en santé communautaire du Québec
Association des spécialistes en médecine d'urgence du Québec